In Ehningen sind alle bebauten Wohn- und Gewerbegebiete an das öffentliche Abwasserentsorgungsnetz angeschlossen. Dieses sorgt mithilfe in den Straßen verlegter Kanalrohre dafür, dass sowohl Schmutz- als auch Niederschlagswasser in die Kanalisation abgeleitet wird. Die Länge des Kanalnetzes beträgt 54 km.

Der größte Teil des Gemeindegebiets wird über Mischwasserkanäle entsorgt (Mischsystem). Häusliches Abwasser und Regenwasser werden in einem Kanal gesammelt und abgeleitet. In den jüngeren Wohngebieten sind in den Straßen zwei Kanalisationssysteme verlegt. Häusliches Abwasser wird jeweils getrennt vom Oberflächen- und Regenwasser in einem eigenen System abgeleitet (Trennsystem).

In der Kläranlage wird das Abwasser unter Einsatz modernster Reinigungsverfahren mechanisch, biologisch und chemisch aufbereitet und in gereinigtem Zustand in die Würm abgeleitet.

Um die Kläranlage bei starkem Regen nicht zu überlasten, wird das überschüssige Abwasser über 20 Klärbecken, Teiche und Überlaufbecken direkt in Gewässer- und Grabensysteme abgeleitet.